Scandi nguồn gốc tự nhiên bao gồm 1 đồng vị ổn định Sc45. Mười ba đồng vị phóng xạ cũng đã được tìm thấy với đồng vị ổn định nhất là Sc46 có chu kỳ bán rã 83,79 ngày, Sc47 với chu kỳ bán rã 3,3492 ngày và Sc48 với chu kỳ bán rã 43,67 giờ. Tất cả các đồng vị phóng xạ còn lại có chu kỳ bán rã nhỏ hơn 4 giờ và phàn lớn trong chúng có chu kỳ bán rã nhỏ hơn 2 phút. Nguyên tố này cũng có 5 siêu trạng thái với ổn định nhất là Scm44 (t½ 58,6 giờ).

Các đồng vị của scandi có nguyên tử lượng từ 39,978 amu (Sc40) to 53,963 amu (Sc54). Phương thức phân rã chủ yếu của các đồng vị nhẹ hơn đồng vị ổn định duy nhất Sc45 là bắt điện tử và phương thức chủ yếu của các đồng vị nặng hơn Sc45 là bức xạ beta. Sản phẩm phân rã chủ yếu của đồng vị nhẹ là các đồng vị của nguyên tố thứ 20 (canxi) và sản phẩm chủ yếu của các đồng vị nặng là các đồng vị của nguyên tố thứ 22 (titan).